Høyskolens seksjoner er viet fordypningen av de praktisk-antroposofiske områdene og gir inspirasjon til arbeidet innenfor felter som sosialterapi, biologisk-dynamisk landbruk, steinerskoler, medisin, eurytmi og mye annet. Seksjonene bestreber seg på en videreutvikling av Rudolf Steiners forskning i møte med erfaringene fra det praktisk-antroposofiske arbeidet.

Høyskolen for åndsvitenskap har følgende fagseksjoner:

• Medisinsk seksjon
• Pedagogisk seksjon
• Seksjon for språkkunst, musikk og eurytmi («Redende und Musizierende Künste»)
• Seksjon for billedkunst
• Seksjon for skjønnlitteratur og essayistikk («Schöne Wissenschaften»)
• Matematisk-astronomisk seksjon
• Naturvitenskapelig seksjon
• Landbruksseksjonen
• Sosialvitenskapelig seksjon
• Ungdomsseksjonen

Arbeidet i Den frie høyskole for åndsvitenskap ledes av Høyskolekollegiet ved Goetheanum, som består av lederne for de ulike fagseksjonene samt styret for Det allmenne antroposofiske selskap. Styret leder Den allmenne antroposofiske seksjon.